1 stagione
Graciela Alonso, detta Grachi, si trasferisce a Città Incantata assieme al padre Francisco e comincia a frequentare l'Escolarium, una prestigiosa scuola dove il padre ha trovato lavoro come professore di matematica: qui conosce Mecha, che diventa la sua migliore amica, e Daniel, del quale s'innamora, ma il ragazzo è fidanzato con la viziata ed egoista Matilda Román, la ragazza più popolare della scuola. Matilda inizialmente fa amicizia con Grachi, ma, quando si rende conto dell'attrazione tra la nuova amica e il suo ragazzo, decide di distruggere Grachi in ogni modo: introdottasi di nascosto a casa sua, entra in possesso di un libro magico che Grachi ha ereditato da sua madre, l'Hecsoren, che porta Matilda a rendersi conto di essere una strega e a decidere di usare i potenti incantesimi in esso contenuti contro la rivale. Intanto, Grachi si rende conto che attorno a lei accadono cose strane, soprattutto quando prova forti emozioni, e scopre poco dopo di essere lei stessa una strega. Mentre inizia a uscire con Daniel, che ha lasciato Matilda, la ragazza si allena con Cussy, una strega buona che lavora all'Escolarium come segretaria, e rivela a Mecha il proprio segreto.

Nel frattempo, la Direttrice dell'Escolarium è alla ricerca dell'Hecsoren per carpirne l'Incantesimo Sigillato, che impedisce che gli incantesimi della strega che lo pronuncia possano essere spezzati, per diventare la strega più potente e trasformare l'Escolarium in una scuola al quale sono messi al bando ogni divertimento e dove i ragazzi pensano solo allo studio. Facendo credere a Matilda di voler rubare i poteri a Grachi, la convince ad allearsi con lei, mentre Mecha riceve dalla madre Lolo, guardiana di Matilda, un anello nel quale è imprigionato il mago Sibilo. Il mago si affeziona molto alla nuova padrona, approfittando dell'amicizia di Mecha per chiederle di liberarlo con l'aiuto di Grachi. Una volta libero, però, Sibilo si allea con Matilda per vendicarsi della Direttrice, che lo aveva imprigionato nell'anello settecento anni prima. Nel frattempo, l'Hecsoren ritorna in possesso di Grachi, che, scoperta l'esistenza dell'Incantesimo Sigillato, decide di difendere il libro affinché né Matilda, né la Direttrice, né Sibilo possano trovarlo e usarlo per fare del male. Grachi viene anche a sapere di essere la ragazza speciale di cui parla l'incantesimo dell'amore stellato e che quindi non può stare con Daniel se non vuole metterlo in pericolo; decide, tuttavia, di restare al suo fianco, ma la loro storia finisce quando, per colpa di Matilda, Daniel scopre che Grachi è una strega. Poco dopo, con l'aiuto dell'amica Lucía, alla quale ha rivelato tutto, Grachi riesce a spezzare l'incantesimo dell'amore stellato.

Mentre sono in atto i preparativi per la festa del sedicesimo compleanno di Matilda, durante la quale si terrà un'eclissi che la Direttrice intende sfruttare per usare l'Incantesimo Sigillato del quale è entrata in possesso, Grachi capisce che la donna vuole rubare i poteri sia a lei sia a Matilda, alla quale propone, senza successo, di allearsi. Durante la festa, Grachi e Daniel fanno pace e tornano insieme, ma poco dopo la Direttrice comincia ad attuare il suo piano; tuttavia, Grachi e Matilda uniscono le forze e infine trasformano la Direttrice in un cane; anche Sibilo, che aveva tentato di tradire la donna, viene da questa convertito in un paio di bermuda. Durante la festa, però, l'Hecsoren viene distrutto, privando entrambe le giovani streghe dei loro poteri; tuttavia, pochi giorni dopo Grachi scopre che le sono tornati.

2 stagione
Comincia un nuovo anno scolastico all'Escolarium, dove Francisco è diventato direttore e tutti gli studenti indossano le nuove uniformi disegnate da Mecha. Mentre quest'ultima inizia a sostenere gli esami per diventare guardiana, Chema, il cugino di Daniel, scopre di essere stato bocciato e, amareggiato, lascia la città e Mecha per tornare a vivere con i genitori. Intanto, Grachi tiene nascosto a Daniel di aver recuperato i poteri perché sa che al ragazzo non piace la magia, e Matilda, che ora esce con Diego, è depressa per essere diventata una ragazza normale, ignara che i suoi poteri siano finiti alla madre Úrsula.

All'Escolarium arriva una nuova studentessa, Mía Novoa, una strega che usa la magia per i propri scopi. Saputo che Grachi è la Prescelta, la strega più potente, si finge sua amica per rubarle Daniel, che lascia Grachi quando scopre che lei gli ha mentito, non dicendogli di essere tornata in possesso della propria magia. Mentre Chema torna a scuola, Mía bacia Daniel, lanciandogli contro un incantesimo, sotto forma di ragno, che fa emergere il lato oscuro di una persona. Il ragazzo comincia così a comportarsi in maniera ribelle e a trattare male tutti, venendo sospeso dalla squadra di nuoto degli Squali; preoccupata per lui, Grachi chiede aiuto a Mecha, Matilda e Diego per spezzare l'incantesimo prima che il ragno raggiunga il cuore di Daniel e renda impossibile far tornare il ragazzo come prima. Grachi riesce nel suo intento, ma per vendicarsi Mía la scambia di corpo con Matilda e il Concilio delle Streghe dà loro una settimana di tempo per scoprire chi è stato, altrimenti rimarranno così per sempre. Durante le indagini Matilda scopre che è Úrsula ad avere i suoi poteri e, ottenuta udienza dal Concilio, riceve il consiglio di chiedere l'aiuto di Leo, un nuovo studente appassionato di scienza e innamorato di Grachi. Di nuovo nel suo corpo, Matilda riesce a recuperare i propri poteri grazie a Leo, mentre Mecha e Chema si rimettono insieme.

Anche Grachi e Daniel si riavvicinano, ma Mía riesce a fare in modo che il ragazzo si trasferisca alla Moderna a causa di alcuni conflitti con l'allenatrice degli Squali, Alejandra, portando la coppia a lasciarsi nuovamente. Abbattuta per la fine della sua storia con Daniel, Grachi decide di ricontattare Tony, trasferitosi l'anno prima a studiare all'Accademia delle Scienze, scrivendogli una lettera. Il ragazzo torna in città poco tempo dopo, rivelandole di essere un mago e di aver frequentato fino a quel momento la Scuola di Magia. Parallelamente, per merito di Grachi il Concilio scopre che Athena è una strega malvagia e la espelle. La donna decide così di vendicarsi e si allea con Mía e Leo per rovinare il matrimonio di Úrsula e Francisco. Grachi, Daniel, Mecha, Chema, Matilda, Diego e Tony, però, riescono a fermarli: Leo perde il potere di controllare l'elettricità, acquisito con un'invenzione, quando Daniel lo fa cadere in acqua, Mía dimentica di essere una strega grazie a un incantesimo di Grachi e Matilda, e Athena viene imprigionata da Matilda e consegnata a Ivis e Priscila, le due streghe rimaste nel Concilio. Il matrimonio può quindi proseguire, e durante la festa Daniel e Grachi tornano insieme.

3 stagione
Grachi comincia a frequentare la Scuola di Magia, l'istituto che addestra streghe, maghi e guardiane da tutto il mondo, dove ritrova la nonna materna, Alba, nel ruolo di direttrice. Sempre alla scuola, la ragazza conosce un mago, Axel, che ama fare scherzi insieme al migliore amico Manu. Saputo che Grachi è la strega più potente di tutte, Axel decide di farla innamorare di sé per rubarle i poteri e diventare il Prescelto. Intanto, Mecha cerca di affrontare la partenza definitiva di Chema, e Diego scopre che Matilda, non sopportando di vivere con Grachi, ha lasciato la città per trasferirsi dalla nonna; Mía è diventata la migliore amica di Rosa e non ricorda più niente della stregoneria, ma l'incontro con Amaya, la sorella di Axel, la porta a mettere in discussione i suoi ricordi, finché, con l'aiuto della ragazza, riesce a recuperare la memoria: di nuovo consapevole della sua vera identità, progetta di vendicarsi e riconquistare Daniel.

Con il passare del tempo, Mecha s'innamora, ricambiata, di Manu, mentre Diego si avvicina ad Amaya, che, nonostante l'opposizione del padre Erick, lo aiuta a scoprire quale motivo si cela dietro le rivalità tra streghe e kanay. Dopo aver appreso da un libro sulla Prescelta di essere molto pericolosa, Grachi lascia Daniel e si mette con Axel, mentre Valeria, l'assistente di Leo, scopre di essere un robot creato da quest'ultimo con le sembianze di Amaya, ma Grachi, con un incantesimo che solo la Prescelta può compiere, la trasforma in un essere umano. Grachi comincia, così, a capire la vera portata dei suoi poteri e che la sua missione come Prescelta è guidare i maghi alla conquista di umani e kanay, ma non riesce ad accettare il fatto di dover diventare malvagia. Mentre Alba prepara l'iniziazione della nipote, Grachi scopre che il suo clone cattivo, creato quando aveva appena conosciuto Mía, è sopravvissuto. Grachi malvagia, alleatasi con Axel per dominare il mondo magico, si presenta all'iniziazione al posto della vera Grachi e riceve lo scettro della Prescelta, che le consente di togliere e conferire poteri, ma viene scoperta e cerca di attaccare Daniel; Mía, però, si mette davanti a lui per proteggerlo e viene colpita, perdendo i suoi poteri. Durante la battaglia tra le due Grachi, Daniel riesce a mettere al collo di Axel una collana che lo trasporta nel 1888, mentre Grachi assorbe il proprio clone malvagio. Tornata la pace, Mía rifiuta l'offerta di Grachi di ridarle i poteri perché vuole provare a vivere per un po' come una ragazza normale; Diego si fidanza con Amaya, Mecha con Manu e Leo con Valeria, e Grachi e Daniel tornano insieme, pronti a vivere il loro amore in un mondo dove streghe e umani convivono felicemente, dopo che Grachi ha rivelato a tutti l'esistenza della magia.